یکی از انتقاداتی که پیرامون ساخت خط A متروی قم بوده، محل آغاز پروژه است.
به گفته برخی کارشناسان حوزه مدیریت شهری، با توجه به زائرپذیر بودن شهر قم بهتر بود که خط A پروژه از مسیر جمکران به حرم مطهر آغاز می‌شد و در ادامه غرب شهر قم به سمت منطقه قلعه را کامکار می‌پیمود.
موضوع فوق آنجایی از اهمیت مضاعف برخوردار می‌شود که شهر قم در روزهای مناسبتی سال با حضور حجم بالایی از زائران همراه بوده و ترافیک سنگین خیابان‌های منتهی به حرم و جمکران در این روزها، یکی از معضلاتی است که حوزه مدیریت شهری با آن مواجه است.
از طرفی برای بازدهی مترو در هر ساعت، به آمد و شد مترو به بیش از ده هزار مسافر نیاز است که مناطق فعلی تحت پوشش این خط _میدان کشاورز به سمت میدان مطهری_ از بار جمعیتی بالایی برخوردار نیست.
اگرچه درخصوص مراجع تصمیم‌گیرنده متروی قم صحبت‌های متعددی در میان است؛ با این حال برخی معتقدند دلایل سیاسی و دخالت در بررسی های کارشناسی، علت اصلی تغییر اولویت‌ها در تعیین مسیر مترو بوده است!
